漢代為莎車國地。
唐屬磧南州。
清屬葉爾羌。
清平定大小和卓后，在澤普建軍臺，設坡斯坎木臺，置六品喀孜伯克署事，轄于葉爾羌辦事大臣。
光緒九年(1883)，劃歸葉城縣管轄。
二十八年（1902），莎車直隸州升為府，直屬府治。
二十九年（1903），上下波斯坎重劃歸葉城縣統屬，設稽查員置理莊務。
1920年，波斯坎隨葉城縣劃歸和闐道。
1921年，又劃歸喀什噶爾道管轄。
同年11月10日，正式建縣，屬喀什噶爾道。
1942年，增設莎車行政區(次年改為莎車督察專區)，澤普縣改隸莎車督察專區。
1949年，屬莎車專區。
1956年6月，莎車專區撤銷，劃歸喀什地區。