9世紀中葉，吐蕃陷入分裂割據，巴青地方由當地頭人尊多尼瑪竹扎管理。
阿里地區的瓊布族遷至巴青區，瓊布族崛起，形成藏北“四大部落”之一。
13世紀，巴青屬元朝皇帝冊封的霍爾王轄地，成為霍爾三十九族部落之一。
霍爾王住巴青，使該地成為霍爾三十九族的統治中心。
約在元至元十七年（1280），元廷從區域上將巴青劃入“吐蕃等路宣慰使司都元帥府”。
明崇禎十五年（1642），噶丹頗章政權建立后，巴青歸固始汗氏族統治。
清乾隆十五年（1751），清廷平息珠爾默特那木扎勒之亂后，將巴青在內的三十九族地區劃為駐藏大臣衙門直接管轄。
清宣統三年（1911），巴青等三十九族地區由西藏地方政府接管。
1916年，西藏地方政府設置三十九族地區總管，總管府設在丁青。
1941年，西藏地方政府撤銷“霍爾基巧”，巴青歸“羌基巧”管轄。
1951年8月，昌都地區人民解放委員會第一辦事處成立，巴青宗隸屬其管轄。
1960年1月，經國務院正式批準，撤銷巴青宗，設立巴青縣。
2017年7月，國務院下達《關于同意西藏自治區撤銷那曲地區設立地級那曲市的批復》（國函〔2017〕109號），巴青縣屬那曲市管轄。