元至元十七年（1280），設朵甘思宣慰使司都元帥府，治所在今貢覺縣莫洛鎮。
明朝將朵甘思宣慰使司都元帥府改為朵甘衛指揮使司。
在貢覺縣境內設有乃竹萬戶府。
崇禎十二年（1639），蒙古和碩特部固始汗的部隊占據貢覺，設立臺吉，十五年，甘丹頗章政權建立后，在貢覺推行宗溪制度，設立館覺宗。
清雍正四年（1726），清廷組織川、滇、藏三方以寧靜山為界，館覺歸甘丹頗章政權管轄。
乾隆十六年（1751），清廷將館覺劃歸駐藏大臣直接管轄。
宣統二年（1910），改土歸流，將館覺宗改為貢縣，隸屬昌都府。
同年冬，設武城縣。
1912年，川軍進駐貢縣、武城縣，并將兩縣劃入川邊特別行政區。
1917年，藏軍占領貢覺地區，西藏地方政府將武城縣改設為三巖宗。
1918年，朵麥基巧成立后，將貢縣改為貢覺宗，歸朵麥基巧。
1928年，民國政府在今四川巴塘設西康政務委員會，將貢縣、武城縣劃入西康政務委員會。
1939年，成立西康省，將貢縣、武城縣劃入西康省。
1950年12月，貢覺宗、三巖宗隸屬昌都地區人民解放委員會。
1959年4月，撤銷貢覺、三巖宗人民解放委員會，解散宗政府，成立軍事管制委員會。
1959年7月，將三巖宗的戈波、支巴、南格、擦拉地方劃歸寧靜宗；其他并入貢覺宗。
1960年1月，國務院正式批準，撤銷貢覺、三巖宗，合并設置貢覺縣，隸屬昌都專區。
2014年10月，撤銷昌都地區，設立地級昌都市，貢覺縣隸屬昌都市。