松贊干布建立吐蕃政權后，在今乃東縣昌珠鎮設約茹治所，設雅隆、雅倉兩個東迪，隸屬約茹。
9世紀中葉，吐蕃政權崩潰，西藏陷入分裂割據，吐蕃末代贊普達瑪鄔東贊之子威宋一派勢力占據乃東，被擁立為王。
10世紀初，威宋及其后裔勢力被迫逃離。
云丹王子之子赤德滾寧占據乃東，而后又被秦木氏氏族統治。
12世紀中葉，噶舉派中的帕木竹巴勢力在山南興起。
南宋咸淳四年（1268，藏歷第五饒迥土龍年）蒙古汗及薩迦政權在乃東雅堆設雅桑萬戶。
元至正十四年（1354），帕竹地方政權建立后，絳曲堅贊在乃東設宗，成為西藏地方13個大宗之一。
明崇禎十五年（1642），甘丹頗章政權建立，乃東境內有乃東、溫宗、頗章、亞堆、格巴等5個宗溪（卡），乃東為一級大宗，溫宗為二級宗。
清乾隆十六年（1751），西藏地方政府仍設乃東宗。
1912年，西藏地方政府在澤當設立洛喀基巧（即山南總管），乃東宗、澤當溪歸其管轄。
1959年5月，平叛改革之后，乃東、澤當、頗章、亞堆合并，設置乃東縣。
1960年1月，經國務院批準，撤銷乃東宗、澤當溪，合并設立乃東縣，屬山南專區。
2016年1月，撤銷山南地區和乃東縣，設立地級山南市和山南市乃東區。