明崇禎十五年（1642），噶丹頗章政權在申扎設立“那倉宗”尼瑪地方，屬“那倉宗”管轄。
清咸豐年間（1856），西藏地方政府將那倉宗更名為申扎宗，尼瑪地方屬申扎宗轄區。
1959年，設申扎縣，1976年前，現尼瑪縣所屬地為申扎縣管轄。
1976年12月，經自治區黨委批準，設立申扎縣西五區辦事處，為申扎縣辦事機構。
西藏自治區黨委根據1978年《憲法》第34條關于“地區設立行政公署”的規定，撤銷“那曲地區革命委員會”，設立“那曲地區行政公署”。
同年1月，申扎縣西五區辦事處改稱“文布辦事處”，為獨立的那曲行政公署派出機構，轄申扎縣西五區時期的5個區，22個鄉。
1983年10月，經國務院批準，將文部、雙湖兩個辦事處合并成立尼瑪縣，隸屬那曲地區。
后因尼瑪縣并末成立，其轄區仍為文部、雙湖兩個辦事處，直至1993年8月尼瑪縣才正式對外宣布成立。
2017年7月，國務院下達《關于同意西藏自治區撤銷那曲地區設立地級那曲市的批復》（國函〔2017〕109號）同意撤銷那曲地區，設立地級那曲市，尼瑪縣屬那曲市管轄。