7世紀中葉，吐蕃政權建立后，把日喀則一帶地區劃歸如拉茹管轄，在其境內設立“桑珠孜”“娘達”“域參”。
9世紀中葉，歸杰氏氏族統治。
10世紀初，達瑪鄔東贊后裔吉德一族占據年楚河流域，形成“卓地王系”，將日喀則收歸治下。
元至元十四年（1354，藏歷第六饒迥木馬年），明廷及帕木竹巴政權在今日喀則市設立桑珠孜宗。
明正統十二年（1447，藏歷第七饒迥火兔年），修建扎什倫布寺。
16世紀中葉，辛夏巴•才旦多吉以桑珠孜為中心，建立起“第巴藏巴汗政權”，稱“藏堆杰波”（后藏之王）。
清康熙十八年（1679，藏歷第十一饒迥土羊年），設立“甲錯宗”“昔孜宗”“夏魯宗”。
1921年，西藏地方政府在今桑珠孜區設“日喀則宗”“蘭倫繞溪”，隸屬日喀則基宗。
1952年6月，蘭倫繞溪卡歸還班禪堪布會議廳管轄。
1954年，西藏地方政府將日喀則基宗改稱“藏區總管”，日喀則宗隸屬其管轄。
1960年1月，撤銷日喀則宗和蘭倫繞溪，合并設置日喀則縣，隸屬日喀則專區。
1962年1月，卡孜鄉、土布加鄉和艾馬崗區及其所轄的艾馬鄉、恰熱鄉、山巴鄉、扎西鄉、孜東鄉、普孜鄉，共1個區，8個鄉從日喀則縣劃出，歸南木林縣管轄。
1986年12月，日喀則縣改為日喀則市（縣級）。
2014年6月，撤銷縣級日喀則市，設立日喀則市桑珠孜區。