14世紀帕竹政權在西藏推行宗制度時，即在此設“薩嘎敦巴宗”。
人們習慣稱之為“薩嘎宗”。
17世紀中葉，甘丹頗章政權時期，在薩嘎設立“撒噶宗”。
1921年，西藏地方政府推行宗溪制，確立薩嘎宗，并將其歸入日喀則基宗治下。
1951年前，薩嘎宗設有東、西即僧俗兩個宗本，三年一換，由噶廈政府從哲蚌寺、色拉寺和大昭寺中直接選派任命。
薩嘎宗為政府與班禪堪布會議廳交叉管轄。
1960年4月，設立薩嘎縣，隸屬日喀則專區(qū)。
1970年，改屬日喀則地區(qū)。
2014年，撤銷日喀則地區(qū)，設立地級日喀則市，薩嘎縣隸屬日喀則市。