建村時間不詳。
1933年設康樂設治局（1935年改設福貢設治局）龍馬鄉一保；1950年改設福貢縣二區鹿馬登村；1951年設鹿馬登鄉；1969年設鹿馬登大隊（1974年分出臘馬洛大隊）；1984年復設鹿馬登鄉；1988年設鹿馬登村公所，駐鹿馬登（今娃底）自然村；2000年12月村改委后，改稱鹿馬登村民委員會，沿用至今。
原鄉政權駐鹿馬登村，是村民群眾自我教育、自我管理、自我服務的基層群眾性自治組織，故名。