晉寧縣原系晉寧、昆陽兩縣合并組建。
夏商時屬梁州，戰國時，莊蹻入滇后在此建立滇國。
西漢元封二年（前109）設滇池縣，為滇王都邑及益州郡治所，同時置建伶縣（今昆陽）。
三國蜀漢滇池縣屬建寧郡。
東晉初年元帝時（317～322），改益州郡為晉寧郡，取晉代安寧之意，為使用“晉寧”之始，屬寧州，滇池縣為寧州治。
唐武德四年（621）置晉寧縣，屬昆州。
唐武德七年（624）以原建伶縣地置望水縣，治今大古城，屬鉤州。
南詔時升晉寧縣為晉寧州，屬拓東節度。
大理時為陽城堡部和巨橋部，均屬善闡府。
元憲宗七年立陽城堡萬戶府和巨橋萬戶府，旋改為晉寧州及昆陽州，屬中慶路。
明屬云南府，清沿用。
1913年改為晉寧縣和昆陽縣，均屬滇中道。
1916年廢道，直屬省。
1950年屬玉溪專區。
1958年昆陽縣并入晉寧縣，治移昆陽鎮。
1959年呈貢縣并入。
1960年改屬昆明市。
1963年原呈貢縣析出置呈貢區。
2016年11月24日經國務院批準晉寧縣撤縣設區，沿用至今。