清代部分村落已建村。
1737年始歸屬麗江府吉尾、山后約，清晚期屬麗江縣山后里。
1912年蘭坪設治之初，劃歸西新化里。
1921年屬第五區西新化里，屬梭羅寨村。
1933年推行區、鄉鎮自治，設第三區文明鄉，治所設今恩棋村委會知其位（今改稱恩棋村），為閭、鄰建制。
1938年改為保甲制。
1940年全面推行鄉鎮保甲建制，將梭羅寨、知其位2個村編為石寶鄉第六保，直至解放初。
1953年劃區鄉政權時，以石寶鄉第六保為區域成立第四區恩棋鄉。
1958年下半年公社化時期屬營盤人民公社恩棋管理區，基本以村為單元組建生產隊。
1962年4月歸屬第四區營盤片，為恩棋公社，1967年11月劃編為營盤區革命委員會恩棋人民公社。
1969年1月更名為營盤公社革命委員會恩棋大隊。
1984年2月設區建鄉，成立營盤區恩棋鄉人民政府。
1987年12月撤銷區的建制，實行鄉鎮制，設立營盤鎮恩棋辦事處，原生產隊改稱生產合作社。
2000年12月“村改委”改稱恩棋村民委員會，自得名后沿用至今。