唐代時期，遮島鎮境域屬南詔。
宋代時期，屬大理國，地處梁河縣中部，九騰越府。
元至元二十六年（1289年），屬南甸軍民總管府。
明屬南甸宣撫司。
清咸豐元年（1851年)，南甸宣撫司署遷遮島。
民國二十二年（1933年），屬騰沖縣第六區。
民國二十三年（1934年），屬南甸宣撫司與梁河設治局共管。
民國二十四年（1935年），設立遮島鎮。
1958年，劃歸騰沖縣河西區九保鎮。
1959年，改設九保公社遮島大隊。
1961年，改為遮島區。
1964年，恢復遮島鎮。
1969年12月，屬紅旗公社，稱紅光大隊。
1971年9月，屬遮島公社，改稱遮島大隊。
1984年，又設遮島鎮。
2005年，杞木寨鄉水箐村并入遮島鎮。