清康熙年間（1662~1722年），屬巧家伙木轄地。
清雍正年間（1723~1735年）屬歸治里六甲地。
民國二十八年（1939年），改稱第八區。
民國二十九年（1940年），廢區，改稱肇勛鎮。
1950年，成立蕎麥地區。
1953年，析出崇溪等鄉置崇溪區，蕎麥地區。
1958年，分為蕎麥地、發泥2公社。
1962年，合并為蕎麥地區；同時劃出魚畢、大巖洞、紅土3大隊由鉛廠公社管轄。
1969年，區改公社，稱蕎麥地公社。
1984年，區鄉體制改革，改蕎麥地區。
1988年，撤區改鄉。
2004年9月30日，蕎麥地鎮更名藥山鎮。