1928年，設昆明市，分市境為8個區，今區境為其時第三、第四區全部，第一、第二、第五區局部。
1941年，昆明市轄區范圍擴展，今區增含其時第七、第八2區的玉皇閣、蓮花池等局部地段。
1950年3月，昆明市實行軍事化管理，按原8個區的建制接管，建立市區兩級人民政府。
1951年，8個區合并為5個區。
其中第二、第三、第四區的大部分和第一、第五區的局部在本區范圍。
1953年，行政區劃再次調整。
區境為第二、第四區，改制為縣級政權。
1956年9月，第二、第四區合并為五華區，因五華山而得名，五華區行政區名正式使用。
2005年，區機關遷至華山西路1號。