西漢置牧靡縣，屬益州郡。
三國蜀漢改作牧麻縣，屬建寧郡。
唐代為升麻縣，屬南寧州，南詔屬拓東節度。
宋大理為新丁部，以烏蠻土酋新丁名為部名，后改為仁地部，屬石城郡。
蒙古憲宗六年（1256），置仁地萬戶。
元至元十三年（1276），改置仁德府，領為美、歸厚二縣。
明初改名尋甸府，清康熙八年（1669），降為尋甸州，屬曲靖府。
1913年，改為尋甸縣，屬滇東道。
1916年，廢道直屬省，1947年，屬第二行政督察區。
1950年，屬曲靖專區。
1956年，成立尋甸回族自治縣。
1959年，與嵩明縣合并置尋甸縣。
1961年嵩明縣析出。
1970年，屬曲靖地區。
1979年12月20日，成立尋甸回族彝族自治縣。
1997年，屬曲靖市。
1998年12月6日，隸屬昆明市，名稱沿用至今。