永仁古稱苴卻，漢、魏、晉、南北朝時分屬益州郡和越嶲郡的弄棟（今姚安）和蜻蛉（今大姚）兩縣所轄。
隋屬蜻蛉縣。
唐初置強樂縣。
唐南詔時屬弄棟節度地。
宋大理國后期屬姚州都督所轄統矢府大姚堡。
元屬大理下萬戶府的同矢府千戶和大姚堡千戶。
明屬姚安府。
清道光三年（1823）屬楚雄府大姚縣，置苴卻巡檢司分治。
1913年，改苴卻巡檢司為苴卻行政區域，設行政委員。
1924年，苴卻行政區域正式由大姚縣析出設縣，先取名方山縣，后取境內永定、仁和兩大集鎮首字定名永仁縣。
中華人民共和國成立后屬楚雄專員公署。
1958年，屬楚雄彝族自治州，是年并入大姚縣。
1961年，從大姚縣析出，仍設永仁縣，至今。