漢代時期，屬益州郡弄棟縣。
蜀漢時期，屬云南郡蜻蛉縣。
東晉、南宋，屬建都郡。
唐代時期，屬縻州都督府磨豫縣。
大理政權時期，先為環州，后改環州為華竹部，屬華竹部。
元代時期，置元謀縣，同置馬街集市。
清初時期，縣以下行政機構設馬，屬月法車馬。
清乾隆年間（1736年—1796年），改馬設鄉，屬烏山前半鄉一、二、三、四甲。
民國十九年（1930年），改鄉為區，屬元謀縣第一區，合原未改區前之烏山前半鄉一、二、三、四甲為一鎮，稱馬街鎮。
民國二十九年（1940年），馬街鎮改名元馬鎮，升格為鄉級行政單位。
民國三十三年（1944年）1月，華竹鄉并入元馬鎮。
1950年1月19日，元謀縣城解放，隨即成立人民政府，元馬鎮屬區級單位。
1958年8月，成立紅旗公社，元馬鎮并入紅旗公社。
1962年，恢復元馬鎮。
2006年，能禹鎮并入元馬鎮。