西漢元封二年（前109），該地設“比蘇”縣，屬益州郡。
東漢永平十二年（69）屬永昌郡。
西晉永嘉五年（311）從永昌郡中劃出比蘇縣，設置西河郡。
梁末比蘇廢縣。
唐武德四年（621）屬南寧州總管府，稱尹州。
唐麟德元年（664）改屬姚州都督府，仍稱尹州。
唐（南詔）境內瀾滄江以東屬劍川節度，瀾滄江以西屬永昌節度。
宋（大理）屬勝鄉郡，稱“云龍賧”，治所在今舊州。
元末設置云龍甸軍民總管府，隸屬金齒宣慰司，治所在今舊州。
明洪武十七年（1384）改為云龍州，授段保為土知州，屬大理府。
治所在今舊州。
明正統（1436～1449）間，改屬蒙化府，后仍歸大理府。
明萬歷四十八年（1620），云龍州“改土歸流”，治所仍在舊州。
明末崇禎二年（1629年）因“以鹽課為要務”，州治從舊州遷至瀾滄江以東沘江邊的雒馬井（今寶豐）。
清代屬大理府。
1913年改州為縣，屬騰越道。
1929年改縣公署為縣政府，直屬省，治所遷至石門。
1949年11月11日，中共云龍縣工作委員會成立。
同年11月13日，云龍縣人民政府成立，屬保山地區公署領導。
1950年1月1日，云龍縣工委、縣人民政府移駐縣城石門。
1956年屬大理白族自治州。
1958年10月撤銷云龍縣，并入永平縣。
1961年3月恢復云龍縣，名稱沿用至今。