自秦漢至唐初，先后屬余姚、姚州、余姚。
北宋慶歷七年（1047）筑大古塘，有居民漸次北移聚落，遷此定居，后裔集居大古塘南北，形成村落。
南宋紹興元年（1131），屬紹興府余姚縣梅川鄉。
明洪武年二十年（1387）湯和奉命筑所城，永樂十六年（1418）城設東、南、西、北和水門。
清宣統二年（1910）屬滸山鄉。
民國19年（1930）屬滸山鄉第六、八、九保。
1950年4月為滸山鎮二、八村。
轄北門外、水門頭、南門外、東南城角四個自然村。
1953年7月，居民、農民分設建制。
居民成立水門居委，曾稱人民居委、成立南門居委，曾稱紅旗居委、成立大池居委，曾名前進居委。
1954年10月劃歸慈溪縣。
1959年2月屬滸山管理區。
1981年8月，由南門居委（紅旗居委）分設南門居委和沈府巷居委。
1981年9月人民居委復稱水門居委、紅旗居委復稱南門居委、前進居委復稱大池居委。
屬滸山鎮。
1985年7月，水門居委更名為水門路居委；南門居委更名為南門大街居委。
1993年11月，沈府巷居委析置為沈府巷居委和羅墅橋居委。
2000年1月，南門大街居委和水門路居委合并成立水門路居委，撤銷南門大街居委；由沈府巷居委和大池居委合并成立南門居委，撤銷沈府巷居委和大池居委。
農民于1955年12月轉入紅星農業高級合作社。
1958年10月并入紅旗公社。
1959年2月屬滸山管理區。
1961年11月為滸山鎮紅星大隊。
1978年4月，紅星大隊析置為紅一、紅二、紅三、紅四4個大隊，為紅一、紅二大隊。
1981年3月，紅一大隊更名為南門大隊；紅二大隊更名為水門大隊。
1983年9月，南門大隊和水門大隊分別改制為南門村和水門村。
2001年7月屬滸山街道。
2002年4月，建立水門社區、南門社區，撤銷水門路居委、水門村；、南門居委、南門村。
2004年6月，建立水南社區，同時撤銷水門社區和南門社區。
地名至今未變。