清之前，后坑村屬玉環廳第二十都。
民國始屬玉環縣第四區，民國二十五年（1936年）始屬玉環縣三盤區三盤鄉，與現在北岙的中街、下街地方一同劃設為東屏鎮第九保。
解放前夕為玉環先三盤東屏鎮第九，解放初改為洞頭鄉第五村，1952年解放后，撤銷舊制，三盤區析分為洞頭區、大門區；東屏鎮也隨之撤銷，改設北岙鎮；洞頭區設一鎮九鄉，后坑村建政為洞頭鄉第五村。
1953年6月10，洞頭置縣，7月后歸屬洞頭縣。
1958年公社化時屬洞頭人們公社，洞頭管理，當時后坑村的店兒后、樹腳自然村屬嶺背居民區管轄，而后壟、上后坑、下后坑自然村屬埭口村管轄。
1961年公社化時期成立洞頭人民公社后坑大隊，1984年政社分設時建為洞頭鄉后坑村。
命名后一直沿用至今。