據清光緒32年(公元1906年)富陽縣志記載，窈口在清末屬棲鶴鄉。
1949年解放后屬石馬鄉，1950年為窈口區石馬鄉窈口村（窈口、百莊、南塘），1956年為湖源鄉窈口高級農業社，1958年為湖源公社窈口管理區，1961年為湖源公社窈口大隊、百莊大隊，1964年百莊大隊并入窈口大隊，1981年4月，百莊大隊從窈口大隊析出，同年11月屬窈口公社，1984年3月為窈口鄉窈口村、百莊村。
1993年后歸屬湖源鄉，2007年12月行政村規模調整時重新合并為窈口村沿用至今。