海鹽縣是崧澤文化發祥地之一，距今5000多年前縣境就有先民從事農牧漁獵活動。
秦王政二十五年(公元前222)置縣。
屬會稽郡。
因“海濱廣斥，鹽田相望”而得名。
建縣以來，海鹽曾四徙縣治，六析其境。
轄境大致相當今奉賢西部，閔行、松江南部，金山，平湖，海鹽全境以及海寧的東部并沿海岸線向杭州灣伸展。
秦代縣治在今金山縣東南境（山陽，馬棚，西護塘之間）。
而上海市地方志辦公室金山建置隸屬考引用《海鹽縣圖經》：“縣始置在今華亭縣柘林，于古為華亭鄉地。”宋魯應龍《間窗括異志》：“治城在華亭鄉者，山名柘山，林名柘林，陷于湖，名柘湖。”則秦海鹽縣治在今奉賢柘林。
秦末或西漢初，縣治陷為柘湖，移治武原鄉地域（今平湖市當湖鎮東湖一帶）。
東漢永建二年（127）縣治陷為當湖，遷治齊景鄉故邑山（今乍浦附近）。
永建四年（129年），分原會稽郡的浙江（錢塘江）以西部分設吳郡，海鹽屬吳郡。
建安五至八年(200-203)析海鹽西南境、由拳南境置海昌縣(今海寧市)。
東晉咸康七年（341），縣治從故邑山移治馬嗥城（今海鹽縣武原鎮東南）。
南朝梁天監六年(507)，析縣東北境置前京縣。
梁中大通六年(534)至大同元年(535)，再析縣東北境置胥浦縣。
唐開元五年(717)，遷縣治于今地。
天寶十年(751)，割海鹽北境、嘉興東境、昆山南境置華亭縣。
元元貞元年(1295)升為海鹽州。
明洪武二年(1369)復降為縣。
宣德五年(1430)，析武原、齊景、華亭、大易4個鄉置平湖縣。
1949年5月7日，海鹽解放。
1950年5月，獅嶺鄉3個行政村劃屬海寧縣，平湖縣10個行政村劃屬海鹽縣。
1958年11月21日，撤銷海鹽縣建制，區域并入海寧縣，其中西塘橋、海塘、元通3個鄉劃歸平湖縣。
1961年12月15日，復置海鹽縣，轄2個鎮16個公社，獅嶺鄉仍屬海寧縣。
1983年，撤銷公社建鄉。
1985年8月，澉浦、通元、西塘橋撤鄉建鎮。
隨著經濟發展，又有于城、百步、秦山撤鄉建鎮。
1999年，調整鄉鎮行政區劃，轄9個鎮3個鄉。
2001年10月，鄉鎮行政區劃再次調整優化，轄武原、沈蕩、澉浦、秦山、通元、西塘橋、于城、百步8個鎮。