馬澗鎮古時屬靈泉鄉三河里和武昌鄉仁壽里。
民國時期屬嵩麓區，轄望玉、漁溪、桂峰、三益、大塘、雙源6個鄉。
1938，10月，碧玉、漁溪兩鄉合并，建石渠鄉；桂峰、三益兩鄉合并，建馬澗鄉；大塘、雙源兩鄉合并建大源鄉。
1941建馬澗區署。
1946，2月，大源鄉并入馬澗鄉。
建國后成立馬澗區人民政府，轄馬澗、下杜、后潘、大塘、溪源、盤源、橫木7個鄉，石渠鄉歸屬香溪區。
1956年下杜鄉并入馬澗鄉，溪源鄉并入大塘鄉。
1958年成立馬澗人民公社，轄橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下、蔣塢、溪源、源口8個管理區。
1959年蔣塢并入馬澗，溪源并入大塘、源口并入石渠。
1961年調整人民公社規模，分設橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下5個人民公社。
1983年6月政社分設，改稱橫木、石渠、馬澗、大塘、姚塘下鄉。
1992年行政區域調整，姚塘下、大塘兩鄉并入馬澗，建制馬澗鎮。
2004年行政區域調整，橫木、石渠兩鄉并入馬澗鎮。