樂清市地處浙江東南沿海的甌江口北岸，西北為雁蕩山山脈，東南為海積平原，地勢自西北向東南傾斜，陸地面積1385平方公里，海域面積284.3平方公里。境內河（溪）流眾多，河（溪）流皆源于西北山區，短而流急，流向東南，注入樂清灣。樂琯運河和樂虹運河橫貫南部，連接眾多河道，構成虹橋、樂成、柳市三塊水網平原。
山脈
有西北部的雁蕩山山脈、中部橫亙的白龍山山脈、西南部的白石山（中雁蕩山）山脈。雁蕩山系括蒼山南緣支脈，總面積203平方公里，距今1.28—1.08億年，由破火山演化而成，呈東北向西南走向，主峰百岡尖海拔1056.6米；雁蕩山雖屬低山區，但銳峰飛瀑造型奇特、神韻優美、意境深邃，是中外馳名的國家5A級風景名勝區，2005年被聯合國教科文組織評為世界地質公園。白龍山自永嘉與樂清界上的正江山向東延伸，然后轉南直至流入樂清灣，其范圍包括清江以南、淡溪以北，主峰海拔716米，次高峰山頂巖石裸露，次第排列，風光獨秀。白石山（中雁蕩山）位于市境南部，自淡溪向西南延伸，分兩支，東支跌宕起伏沒入樂清灣，西支回環至磐石沒入甌江；道士巖海拔457米，是中雁蕩山風景的中樞，遠眺海天相接，俯視湖光山色相映成趣，分外迷人。
溪流、運河
市境共分大荊、清江、虹橋、樂成、柳市五大水系，總長1034公里，水面面積1997萬平方米，蓄水量4069萬立方米，年均徑流總量13.78億立方米。
大荊溪亦名蒲溪，由仙溪、雙峰溪、東林溪匯集流入樂清灣，主流長32公里，流域面積330平方公里。清江古名檉江、芙蓉港，匯集黃金溪、前垟溪、筋竹溪之水流入樂清灣，主流長30公里，流域面積76平方公里。白石溪，白石山之水流入鐘前和白石水庫下泄，與白象、柳市二河相接，長16公里，流域面積68.1平方公里。
樂琯運河，匯集金溪、銀溪之水，東連樂虹運河，西通溫州甌江，河長28.8公里，平均河寬38米。樂虹運河，樂成至虹橋，河長21.4公里，平均河寬27米。柳市河自白石溪起，向東南流經湖頭，至柳市鎮與樂琯運河匯合到三條橋分成凰嶼河、白浦河、泮垟河，后分別入甌江；慎江水閘重建后，主流與樂琯運河匯合，入甌江。柳市河全長14.6公里，平均河寬56.4米，蓄水量241萬立方米。甌江是浙江省第二大河，流經甌海靈昆島分汊，其北汊在琯頭入境，經樂清市境南側至岐頭山入溫州灣，屬感潮河段，俗稱甌江北口，是溫州港的主航道，境內段長約14.2公里，江面寬1.3公里。七里港近岸深槽長6公里，水深11米左右，建港條件優越。
平原
分沿海平原和溪谷平原。沿海平原主要有虹橋、樂成、柳市三大平原。虹橋平原：位于市境中部，三面環山，南端敞開與樂清灣相接，長約11公里，寬約8.5公里，面積約63平方公里。樂成平原：地處虹橋平原之南，西邊依山，東瀕樂清灣，長約10公里，寬約5.5公里，面積約35平方公里。柳市平原：位于甌江口北側，東傍樂清灣，西、北部依山，長約16公里，寬約15公里，面積約113平方公里。溪谷平原沿溪流下游分布，規模小，形態受溪流制約，成因屬洪水沖積，主要分布在四都、淡溪、芙蓉、大荊等地，面積小者4平方公里，大者10平方公里，均以旱地為主。
樂清灣
位于浙江東南部、甌江入海口北側，東側是玉環市，西岸是樂清市，灣頂為溫嶺市，灣口是洞頭區各島嶼，樂清灣海域總面積463.6平方公里（其中屬樂清市管理面積為284.3平方公里），樂清市海岸線總長159.88公里，有20.16萬畝灘涂面積，是浙江省蟶、蚶、牡蠣三大貝類的養殖和苗種基地。
樂清灣有大小島嶼14個（樂清境內島嶼9.5個），明礁8處，暗礁1處，是雁蕩山山脈延伸部分海侵后形成。白沙島、西門島、小橫床島常年有人居住，其他為無人島。西門島：面積6.37平方公里，主峰海拔398.6米，為樂清市最大島，有4個行政村、20個自然村。