芙蓉始建于東晉寧康二年（374），民國20年(1931)置芙蓉鎮。
1949年10月為芙蓉鄉；1950年為芙蓉鎮；1956年2月芙蓉鎮與小芙、雁芙、雁西3鄉及嶺底鄉之小舟山村合并設芙蓉鄉，8月縣行政區劃調整重分為芙蓉、雁芙兩鄉；1958年設芙蓉管理區，屬芙蓉公社；1961年管理區撤銷，改為芙蓉公社；1983年政社分設，改稱芙蓉鄉，屬清江區；1985年4月撤鄉，改為建制鎮；1992年5月小芙鄉并入；2011年5月，嶺底鄉、雁湖鄉建制撤銷，其行政區域并入芙蓉鎮；2015年12月，芙蓉鎮管轄范圍調整，劃出部分區域增設嶺底鄉。