“明萬歷十年設有南麂副總兵，清順治十八年遷徙，其地始墟。”1925年前后邑人王理孚組織漁佃公司，募民墾種。
1940年稱南麂鄉，隸鰲江區。
1949年5月平陽解放，國民黨縣政府遷往南麂。
1954年5月9日，蔣介石視察大陳島返回途中登臨南麂島。
1955年2月，國民黨軍隊撤退時，將島上1996名島民全部帶往臺灣屏東縣高樹鄉。
后溫州專員公署動員本縣及瑞安、文成等縣移民，并成立南麂鄉人民政府，隸洞頭縣管轄。
1957年劃歸本縣，屬鰲江區管轄。
1958年改為南麂大隊（管理區），屬鰲江公社。
1961年成立南麂公社，隸縣政府南麂辦事處管轄。
1983年改稱南麂鄉，隸屬不變。
1990年為南麂島辦事處。
1997年南麂鄉改為建制鎮。
2011年并入鰲江鎮。
2016年恢復南麂鎮建制。