清時屬崇政鄉。
1929年屬北港鎮五十都。
1941年屬水頭區。
1949年屬南雁區曉坑鄉。
1950年從曉坑鄉分出成立懷溪鄉，屬山門區。
1952年劃金山等8個村設懷溪鄉，劃南山等9個村建曹門鄉；曉坑鄉又分出洪山鄉。
1956年曹門鄉并入懷溪鄉，洪山鄉并入曉坑鄉。
1958年分別為山門公社懷溪、曉坑、曉陽大隊（管理區）。
1961年建立懷溪、曉坑、曉陽公社，隸山門區。
1983年曉坑公社改為鄉；1984年懷溪、曉陽公社改為鄉，隸屬不變。
1992年曉陽鄉并入曉坑鄉。
2011年曉坑、懷溪2個鄉并入山門鎮。
2016年曉坑、懷溪社區從山門鎮劃出，成立懷溪鎮。