清時屬崇政鄉。
1925年屬北港鎮四十八都。
1936年稱鬧村鄉，屬北港區。
1940年5月改稱玉泉鄉，隸水頭區，9月改隸北港區。
1949年復稱鬧村鄉，隸南雁區。
1950年分為聯山、蒼南、鬧村三鄉，屬山門區。
1952年鬧村鄉又分為鬧村、龍鳳二鄉，改隸水頭區管轄。
1956年合并為鬧村鄉，隸屬不變。
1958年為水頭公社鬧村大隊（管理區）。
1961年為鬧村公社。
1984年復稱鬧村鄉，同時恢復聯山鄉、蒼南鄉，均屬水頭區。
1992年蒼南鄉、聯山鄉并入鬧村鄉，其中鬧村鄉埭頭村并入南雁鎮。
2011年鬧村鄉并入水頭鎮。
2016年恢復鬧村鄉。