1949年稱車坑、黃皮、橋陌農民協會（行政村），1956年稱車坑、黃皮、橋陌農業生產合作社，1958年稱車坑、黃皮、橋陌生產隊，1961年稱車坑、黃皮、橋陌大隊，1962年車坑大隊析建桐梓大隊，1984年稱車根、黃皮、橋陌、桐梓行政村，分設村民委員會，屬車根鄉。
1992年撤區擴鎮并鄉，車根、齋郎兩鄉合置稱百山祖鄉，改屬百山祖鄉，村名復稱車坑行政村。
2013年百山祖鄉、合湖鄉合并設立百山祖鎮，屬百山祖鎮。
2019年5月，車坑村、黃皮村、橋陌村、桐梓村合并建立百山祖村。
村委會駐地車根。