清屬寧海縣南鄉梅家莊。
民國17年（1928）屬方巖鄉。
民國24年屬楊家鄉。
民國29年（1940）三門建縣前后均屬楊家鄉。
1949年解放初沿用舊制。
1950年5月屬壩頭鄉。
1955年成立下吳初級社。
1957年初加入壩頭聯合高級社，同年分出，自建下吳高級社。
1958年冬，改稱下吳生產隊，屬壩頭管理區。
1961年屬壩頭鄉人民公社下吳大隊。
1984年全縣政社分設時，石門坑村歸屬高枧鄉。
成立村民委員會，屬壩頭鄉。
2001年行政區劃調整，撤銷壩頭鄉，改屬亭旁鎮。