明洪武十四年（1381）為建德鄉十三、十五都。
清乾隆年間（1736～1795）為西北鄉十三、十五都；宣統三年（1911）屬保仁區。
民國時期先后為大柘區益三鄉、一五鄉、城區保仁鄉、大柘區保仁鄉。
1949年解放初沿用保仁鄉名，屬大柘區。
1950年10月分置益三鄉。
1956年3月，益三鄉魁川村劃入成屏鄉后與保仁鄉合并改稱三仁鄉，歸縣直屬。
1958年李家山等6個自然村劃入城關鎮，改稱曙光公社三仁管理區。
1959年2月改稱益三管理區和沙口管理區。
1960年2月益三、沙口大隊合并改稱三仁管理區，屬城關區。
1961年7月為三仁人民公社。
1983年10月復置三仁鄉，轄14個村。
1985年2月建為三仁畬族鄉，屬城關區。
1992年5月歸縣直屬。
2010年12月轄8個村。