原新塘垟村解放前后均稱包垟村，屬白云鄉；1956年建包垟農業生產合作社；1959年稱包垟大隊，屬百丈公社；1962年析建包垟公社，屬之。
1984年5月建新塘垟村，屬包垟鄉。
原少年垟村1958年稱少年垟大隊，1984年5月改稱少年垟村。
原石柱垟村解放時叫石柱垟，并入包垟大隊后叫新垟村，并入新塘垟后又叫石柱垟原馬跡村1958年稱馬跡大隊，1984年5月改稱馬跡村。
2004年原新塘垟、少年垟、石柱垟、馬跡4村合并組建新的新塘垟村，遂為現之規模，隸屬包垟鄉。
2011年4月，撤銷包垟鄉，隨鄉并入百丈鎮。
2016年行政區劃調整后并入包垟鄉。
一直沿用至今。