明宣德五年（1430）屬石灣（桐鄉縣）、石門鎮（崇德縣）。
清時改為玉溪鎮。
清宣統三年，復稱石門鎮。
1950年3月21日，崇德縣石門鎮與桐鄉縣石灣鎮合并，稱石門鎮，隸崇德縣。
1958年10月成立石門人民公社，石門鎮劃入人民公社。
1958年11月21日，桐鄉、崇德兩縣合并，稱桐鄉縣，石門鎮隸桐鄉縣。
1987年2月9日經浙江省民政廳批復，石門鄉并入石門鎮。
1998年11月經浙江省民政廳批復，安興鄉并入石門鎮。
2001年10月10日經浙江省民政廳批復，羔羊鄉并入石門鎮。