清時屬武平鄉，民國時為云源鄉和四靖鄉，而后2鄉合并稱云靖鄉，解放后統稱舟山鄉。
1950年分舟山、前村2個鄉，1956年方丘、新樓兩鄉合并為新樓鄉。
前村、舟山合并復稱舟山鄉，1958年舟山鄉稱舟山管理區，曾稱躍進人民公社，后稱新樓管理區。
1961年舟山管理區改為舟山公社，1983年復稱舟山鄉，1992年3月撤鄉建鎮稱舟山鎮；2001年舟山鎮并入石柱鎮，稱舟山管理處。
是年7月，古山、胡庫、新樓、方巖四個鄉合并，建立古山鎮，新樓設管理處。
2006年6月，新樓管理處從古山鎮分出與舟山管理處從石柱鎮分出后合并，設立舟山鎮，名稱沿用至今。