福昌基村：民國時期屬二保，解放初稱福昌基村，1958年稱大聯(lián)一社，1960年稱福昌基大隊，1984年政社分設(shè)時置福昌基村委會，1992年5月撤擴(kuò)并時撤普青鄉(xiāng)改屬陳嶼鎮(zhèn)，2000年6月三鎮(zhèn)合并后改屬珠港鎮(zhèn)陳嶼辦事處，2009年8月撤珠港鎮(zhèn)建制，又改屬玉環(huán)縣大麥嶼街道辦事處；峰源村：民國時期屬三保，1955年成立低級社，1958年稱大聯(lián)二社，1960年稱北山頭大隊，1984年政社分設(shè)時置北山頭村委會，1992年5月撤擴(kuò)并時撤普青鄉(xiāng)改屬陳嶼鎮(zhèn)，2000年6月三鎮(zhèn)合并改屬珠港鎮(zhèn)陳嶼辦事處，2004年改北山頭村為峰源村，2009年8月撤珠港鎮(zhèn)建制，又改屬玉環(huán)縣大麥嶼街道辦事處。
2018年8月22日行政村規(guī)模調(diào)整，根據(jù)玉政函〔2018〕91號文件，撤銷福昌基村、峰源村2個村村民委員會，將原2個行政村的轄區(qū)進(jìn)行合并，設(shè)立福源村村民委員會，辦公地點(diǎn)設(shè)在原峰源村。