清港鎮地海港舊稱“右港”,元代改稱清港,有清港渡,明洪武十四年(1381)設清港里。
清光緒年間(1875-1908)設清港村,1934年改為清港鄉。
1936年改為清港鎮。
建國后沿用清港鎮名稱。
1958年,屬楚門人民公社(大公社)下轄的一個管理區,1961年建立清港人民公社;1984年政社分設時,復置清港鎮;1991年3月,建立清港區;1992年5月“撤、擴、并”時,原芳杜鄉、凡塘鄉和外塘鄉的上湫、下湫、袁家、后排4個行政村并入清港鎮。