1942年由地方人民武裝-淮澮大隊（后改編為縣獨立團三營）在淮北一帶拉游擊時所開辟的澮南區，隸屬泗五靈鳳縣；解放戰爭時期，1947年建政時沿襲原地名。
1955年區劃調整，更名為新集區。
1958年人民公社化時，組建新集公社。
1965年設區劃社時，又恢復了新集區。
1969年撤區并社，在區劃內分設新集、安淮、三沖、臨北四個公社，至1980年恢復區制時，再置新集區。
1992年3月，撤區并鄉鎮，安淮鄉、郭府鄉，大新鄉劃出，姚管鄉、雙河鄉、許場鄉、新集鎮4鄉鎮合并為新集鎮。
2000年機構改革，將全鎮29個村、3個居委會合并為11個村、3個居委會。