唐末宋初始有先民定居于此。
北宋至清初，文祠屬海陽郡登瀛都。
清至民國期間稱登榮都。
民國三年（1914年）后，改為潮安縣登榮區。
民國十九年（1930年），屬潮安縣榮意區，與意溪合并。
民國三十五年（1946年)，與意溪分拆，屬潮安縣登榮鄉。
1949年，又與意溪合并稱榮意區。
1950年，榮意區稱第三區人民政府。
1952年，拆三區，文祠建制為文祠區人民政府，期間轄屬村變更繁迭。
1958年9月，再與意溪并置意溪人民公社。
1961年4月，與意溪分拆，成立公社。
1980年，稱文祠公社管理委員會。
1983年11月，改置文祠區公所，轄下大隊稱鄉。
1987年2月，改為文祠鎮人民政府。
1992年，后屬潮安縣。
2013年6月28日，國務院批準調整潮州市部分行政區劃，撤銷潮安縣，設立潮安區，文祠鎮屬潮安區。