外砂王厝人至此搭寮，圍地墾荒，捕魚為生。
清同治年間因避兵禍，外砂及洲畔咸塭村民遷此聚居而漸成村落。
原屬外砂鄉。
1934年屬壩頭鄉。
1949年屬上蓬區。
1951年稱南港鄉，屬海濱區。
1953年屬八區。
1958年9月成立澄海縣人民公社，屬第三支隊310團。
1959年設南港生產大隊，屬壩頭人民公社。
1983年11月設區建鄉，設南港鄉，屬壩頭區。
1986年11月撤區置鎮，設南港村，屬壩頭鎮。
1990年9月設南港管理區。
1998年9月設南港村。
2002年1月壩頭鎮并入鳳翔街道，設南港社區，沿用至今。