南磜鎮從明末建縣時稱獠頭，與石寨統稱為石寨鄉。
民國十年（1921年），仍稱石寨鄉，屬縣第五區。
中華人民共和國成立初期，劃為第四區，石寨分為南磜、北礤兩個鄉。
1958年，蕉梅合縣后并入梅東人民公社。
1961年3月，分出南磜人民公社，區域包括北礤鄉。
是年9月，南磜人民公社分出北礤人民公社。
1983年，撒社成立南磜區。
1987年，成立南磜鄉。
1993年10月，撤鄉改稱鎮。
2004年10月，撤銷北礤鎮，并入南磜鎮。