明萬歷年間（1573-1619），鐘、何兩姓先祖從海面來此建村，信堪輿師意見，初名“南峽”，土語“峽”“合”諧音，改名“南合”。
清康熙縣志、清乾隆縣志作“南盒”村，屬瀧水都四圖。
清道光縣志圖說記“南合鐘姓”。
民國時期至1951年屬第七區洞南鄉。
1952-1956年改屬第十一區南田鄉（1955年第十一區改為崖西區）。
1957年改屬洞南鄉。
1958年并入洞南管理區。
1959年成立南合大隊。
1984年與南昌大隊、田寮大隊合稱南田鄉。
1986年從南昌大隊、田寮大隊分出，稱南合村委會。
1988年改稱南合管理區。
1999年復稱南合村委會。
2002年崖南與崖西合并，屬崖門鎮，仍稱南合村委會。