明代時期，黑土鎮境域屬朵你則溪。
清代時期，屬太平里八甲。
民國初期，屬南區。
民國三十三年（1932年），設黑土鎮，屬六區。
民國二十四年（1935年），屬四區蒙梭聯保八保。
民國三十三年（1944年），屬嶺南鄉。
1950年1月，屬五區；同年6月，屬八區。
1952年2月，設鄉，屬十二區。
1958年9月，成立設公社。
1959年1月，改為管理區。
1961年8月，恢復為公社。
1967年12月，成立革命委員會。
1992年1月，為黑土鄉。
2016年，撤銷黑土鄉，設置黑土鎮。