宋仁宗至清前期土司制度時期設卯洞安撫司、百戶司。
清朝雍正十三年（1735年）改土歸流時，廢卯洞司設仁育里，廢百戶司設勇敬里。
1914年始設區鄉，百福司為四區；1933年編組保甲，百福司仍屬四區，區公所設在百福司，轄5鄉、1鎮、50保；1936年屬新三區；1941年，撤銷區署，仍保留百戶司區署。
百戶司鎮轄智樂、仁育、勇敬3鄉。
1943年，仁育改為安撫鄉，勇敬改為卯洞鄉。
1946年，重新劃分各區鄉鎮之區劃，整編保甲，設卯洞鄉，鄉公所設在百福司；設安撫司鄉，鄉公所設在安撫司街上。
1947年，百戶司區署撤銷，實行保甲制度直到解放。
1949年11月來鳳解放時仍沿襲舊制，1949年12月，建立來鳳縣人民政府，改保甲制為村組建制，設卯洞區。
1958年人民公社化時期，卯洞區和漫水區合并為卯洞公社。
1984年6月2日，設區建鄉，卯洞公社又劃分成百福司鎮和漫水區，至此百福司鎮成立至今未變更。