該村漢代隸屬底店亭，唐代時歸底店里管轄，宋代設底店鄉（足500戶以上），元代仍為底店里；明代歸永平底店里管轄，清代底店村是彬州5鄉9里221村之一；民國二十二年1933年，改鄉、里為聯保保甲制；民國二十九年1940，撤聯保，實行鄉鎮保甲制，底店保又是全縣11鄉鎮67保之一；1949年7月24日，彬縣人民政府成立仍為區，鄉建制；1958年8月，設立底店人民公社，村名對應為底店生產大隊；1984年5月，政社分設，恢復鄉、鎮建制，恢復村名為底店村；2014年由水口鎮管轄，成立底店村村民委員會。