1950年建中子鄉，設小屯村。
1958年轉斗鄉并入后成立中子人民公社，小屯村更名為小屯大隊。
1961年分出原轉斗鄉境成立轉斗人民公社。
1984年中子人民公社更名為中子鄉，中子人民公社小屯大隊更名為中子鄉小屯村，同時設立中子鄉小屯村村民委員會，境域未變。
1992年撤鄉建鎮，中子鄉與轉斗鄉合并成立中子鎮，中子鄉小屯村村民委員會更名為中子鎮小屯村村民委員會。
1995年原轉斗鄉從中子鎮析出復置轉斗鄉，小屯村隸屬中子鎮，此后境域一直未變。
2020年5月南埡村與小屯村合并為小屯村，撤銷南埡村村民委員會，設立小屯村村民委員會，隸屬隸屬中子鎮。