會東縣建縣前，今堵格鎮境域屬會理縣鲹魚區魚格鄉。
1952年7月，析會理縣、巧家縣設立會東縣；境內分別設立堵格鄉、火山鄉、坪塘鄉，均屬會東縣新堵區。
1955年，撤銷新堵區，堵格鄉、火山鄉、坪塘鄉劃歸鲹魚區。
1958年，撤鄉改公社，原堵格鄉、火山鄉合并設立堵格人民公社，原坪塘鄉改設為坪塘人民公社。
1966年，堵格人民公社更名為紅旗人民公社，坪塘人民公社更名為上游人民公社。
1981年，由紅旗人民公社分設為火山人民公社、堵格人民公社，上游人民公社復名坪塘人民公社。
1984年，撤銷堵格人民公社、火山人民公社、坪塘人民公社，設立堵格鄉、火山鄉、坪塘鄉。
2013年6月，撤銷堵格鄉、火山鄉、坪塘鄉，設立堵格鎮，轄原堵格鄉、火山鄉、坪塘鄉行政區域。