仁莊清時屬四都，民國時期為四內，四外鄉。
1949年6月、9月，四內鄉、四外鄉人民政府分別建立。
1950年8月，撤四內鄉分設吳岸、南木宕鄉；撤四外鄉分設五源、羅溪鄉。
1952年4月，五源鄉政府稱垟心鄉，撤南木宕鄉分設小令鄉、孫山鄉；增設仁莊、西天鄉。
1956年4月，西天鄉并入吳岸鄉，羅溪鄉并入仁莊鄉。
1958年11月，各鄉改稱管理區。
1962年各管理區改稱人民公社。
1981年孫山公社并入小令公社。
1983年11月恢復鄉建制，屬仁莊村，1992年5月，小令、垟心、吳岸3鄉并入仁莊鄉。
1998年1月，升格為仁莊鎮。